小麥全蝕病的病菌主要來源于殘存在土壤里的帶菌根茬以及混雜有病根、病莖、病葉鞘等殘體的糞肥、種子三種途徑。因此，控制病害必須做到保護無病區，封鎖零星病區，壓低老病區病情；因地制宜，實行輪作倒茬，增施有機肥、磷鉀肥，選用耐病豐產品種，深翻倒土；輔助于藥劑拌種是防病的重要措施。
1 輪作倒茬
全蝕病隨寄主作物復種指數和連作次數的增加逐年加重，而與非寄主作物(如蔬菜、棉花蔥蒜等)輪作1~2年的麥田(微博)，病情明顯減輕。采用重病田大輪作，輕病田小換茬。具體是重病田種植小麥1年以上，改種蔬菜、棉花、油菜等作物；輕病田小麥收獲后，復種花生、大豆、蔥、白菜、蘿卜等非寄主作物。
2 堅持五改
2.1 改低茬收割為高茬收割 全蝕病病菌侵染部位僅限于小麥根部和莖基部15cm以下。高茬收割可有效控制種子間殘體帶菌。收割后及時清除田間麥茬，集中處理；
2.2 改常溫漚肥為高溫發酵滅菌漚肥 由于常溫漚肥不能使病菌死亡，將大量病菌帶入田間，擴大發病面積。而經高溫發酵滅菌處理后的糞肥，病菌存活率為0。高溫發酵滅菌方法：在"大暑"前后，把麥糠與水拌均，堆在平地上，堆高2~3m，長寬不限，表面加蓋塑料薄膜，經1~2天，堆溫可達50℃以上，發酵3天后即可拆垛用于基肥，扒垛時，將四周及堆底半尺厚發酵溫度不足40℃的麥糠扒開，重新堆積發酵。
2.3 改自留種為購良種 麥田病麥與無病麥混合收割脫粒時，種子間夾帶大量病體殘屑。而正規種子生產部門生產的良種，經嚴格精選，無雜質，杜絕了病菌傳播。
2.4 改淺耕為深翻 實踐證明，深翻50~60cm可使小麥全蝕病白穗率降低80％以上，深翻后，需增施有機肥提高土壤肥力。
2.5 改單一施肥為配方施肥 合理搭配肥料，培肥地力，促進小麥健壯生長也是防治該病的一項重要措施。
3 增施有機凈化肥 麥田嚴禁施用未經高溫處理土糞、麥糠、秸稈等，防止病菌隨土糞擴散。
